COVID-19 ãtmainos. COVID-19 ligą sukeliantis SŪRS-CoV-2 virusas, kaip ir visi kiti virusai, laikui bėgant keičiasi (mutuoja). Dauguma pakitimų neturi jokios įtakos viruso savybėms, tačiau kai kurie pokyčiai gali daryti didelę įtaką. Dėl mutacijų virusas gali greičiau plisti visuomenėje; gali sukelti naujus simptomus, pasunkinti ligos eigą; gali tapti mažiau jautrus terapiniams vaistams, vakcinoms; gali pasikeisti taip, kad diagnostiniai testai jo nebegalės aptikti. Per 2 metus nuo šio viruso išplitimo jau yra aptikta ir pavadinta daugiau kaip tūkstantis naujų viruso atmainų, tačiau tik keletas jų labai pakeitė pandemijos eigą ir sulaukė ypatingo dėmesio. Kai kurios jų Pasaulio sveikatos organizacijos yra priskiriamos prie susidomėjimą keliančių atmainų (angl. Variant of Interest) ir kelios – prie rūpestį keliančių atmainų (angl. Variant of Concern).
Nomenklatūra
Atsižvelgiant į nuolatinę viruso evoliuciją, buvo sukurtos 2 pagrindinės nomenklatūros naujoms SŪRS-CoV-2 viruso atmainoms pavadinti: PANGO nomenklatūra ir Pasaulio sveikatos organizacijos nomenklatūra.
Dinamiška PANGO komiteto pasiūlyta SŪRS-CoV-2 atmainų (genetinių atšakų) nomenklatūra siekia palengvinti dialogą tarp mokslininkų. Pagal šią nomenklatūrinę sistemą automatiškai klasifikuojamos SŪRS-CoV-2 atmainos, palikusios didelį skaičių aptinkamų palikuonių, įgavusios mutacijų, keliančių įtarimų dėl pasikeitusių viruso bruožų, arba tais atvejais, kai viena ar kita genetiškai atskiriama atmaina (bet nebūtinai turinti pakitusių bruožų) yra paplitusi viename geografiniame regione. Pavadinimas susideda iš raidės ir skaičių kombinacijos, kur raidė parodo, iš kurios pirminės viruso linijos evoliucionavo nauja atmaina, o skaičius parodo, kelinta tai naujai atsiradusi atmaina. Pvz., B.1 yra atmaina, atsiradusi 2020 pradžioje Europoje iš protėvio, pavadinto B, o B.1.620 – 620-oji pavadinta B.1 viruso atmainos palikuonė. Jeigu pavadinimas pasiekia tris skaičius ir viruso atmaina turi palikuonių, ji įgyja naujos raidės pavadinimą, pvz., taip įvyko su Brazilijoje pirmą kartą identifikuota P.1 atmaina, kurios pavadinime P raidė yra naudojama kaip kombinacijos B.1.1.28 trumpinys, arba įvairiomis atmainomis, pavadintomis Q, kurios yra kilusios iš B.1.1.7 (alfa) atmainos ar AY, kilusios iš B1.617.2 (delta).
Pagal Pasaulio sveikatos organizacijos nomenklatūrą pavadinamos yra tik naujos epidemiologiškai svarbios viruso atmainos. Jos priskiriamos prie rūpestį keliančių ar susidomėjimą keliančių atmainų ir joms suteikiamas graikiškos raidės pavadinimas (alfa, beta, gama, delta ir taip toliau). Taip vadinti atmainas buvo nuspręsta tam, kad būtų lengviau komunikuoti su plačiąja auditorija, t. p. dėl to, kad žiniasklaida pradėjo vartoti šalių, kuriose pirmą kartą šios atmainos buvo identifikuotos, pavadinimus ir tai neigiamai veikė tų šalių socialinį statusą.
Prie rūpestį keliančių atmainų priskiriamos tos, kurios turi bent vieną iš šių visuomenės sveikatai svarbių savybių: padidėjęs užkrečiamumas arba nuostolių keliantys COVID-19 epidemiologiniai pokyčiai; padidėjęs virulentiškumas arba pasikeitusi klinikinė ligos eiga; visuomenės sveikatos ir socialinių priemonių veiksmingumo bei prieinamos diagnostikos, vakcinų ir gydymo efektyvumo sumažėjimas. Tokioms atmainoms priskiriama alfa, kuri pirmą kartą identifikuota 2020 09 Jungtinėje Karalystėje, beta – 2020 05 Pietų Afrikos Respublikoje, gama – 2020 11 Brazilijoje, delta – 2020 10 Indijoje, omikron – 2021 11 Pietų Afrikos Respublikoje.
Identifikavus rūpestį keliančią atmainą, Pasaulio sveikatos organizacija įvertina naujos atmainos keliamą riziką visuomenės sveikatai; jeigu būtina – atliekami papildomi laboratoriniai tyrimai siekiant geriau charakterizuoti naują atmainą. Be to, Pasaulio sveikatos organizacija peržiūri ir atnaujina savo epidemiologines gaires, kuriomis remiasi didžioji pasaulio dalis.
Prie susidomėjimą keliančių atmainų priskiriamos tos, kurioms būdingos šios 2 savybės: turi mutacijų, kurios, kaip spėjama arba žinoma, pakeičia tokias savybes kaip užkrečiamumas, ligos sunkumas; virusas tampa neatpažįstamas mūsų imuniteto arba diagnostinių testų; virusas tampa atsparesnis terapiniams vaistams; jeigu nustatyta, kad atmainos mutacija sukelia didesnius protrūkius bendruomenėse, randamà šalyse su didėjančiu susirgimų skaičiumi arba turi kitą akivaizdų epidemiologinį poveikį, rodantį kylančią riziką pasaulio visuomenės sveikatai. Prie susidomėjimą keliančių atmainų priskiriama lambda pirmą kartą 2020 12 rasta Peru ir mu – 2021 01 Kolumbijoje. Ilgainiui neaptikus atmainos ji yra pašalinama iš Pasaulio sveikatos organizacijos susidomėjimą keliančių atmainų sąrašo. Taip atsitiko su eta, kuri pirmą kartą buvo identifikuota daugelyje šalių 2020 12, jota – 2020 11 Jungtinėse Amerikos Valstijose ir kapa – 2020 10 Indijoje.
Identifikavus susidomėjimą keliančią atmainą, Pasaulio sveikatos organizacija įvertina naujų viruso savybių potencialią įtaką visuomenės sveikatai; paskiria partneriams ir šalims narėms atlikti papildomus laboratorinius tyrimus; peržiūri šios atmainos pasaulinę epidemiologiją bei vykdo nuolatinį naujos atmainos plitimo stebėjimą.
Viruso atmainų tyrimo būdai
Visi dabar naudojami COVID-19 testai gali nustatyti, ar žmogus yra užsikrėtęs būtent SŪRS-CoV-2 virusu, nepriklausomai nuo to, kokia atmaina užsikrėtė. Tačiau tie patys diagnostiniai testai negali nustatyti, kokia tiksliai atmaina asmuo yra užsikrėtęs, kadangi jie parodo tik viruso genetinės medžiagos (PGR) arba viruso baltymų (antigeniniai testai) buvimą ėminyje ir jų kiekį. Tikslią atmainą galima nustatyti tik sekoskaitos būdu – tai toks metodas, kuriuo nustatoma visa nukleotidų seka viruso genetinėje informacijoje, t. y. nuskaitomas viruso genomas. Atmainai įtarti galima naudoti ir tikslinį PGR nustatant tam tikras jau žinomas mutacijas arba jų kombinacijas.
Rūpestį keliančiose atmainose randamos mutacijos
SŪRS-CoV-2 virusas turi RNR genomą, o šis yra sudarytas iš pavienių mažesnių sudedamųjų dalių: nukleotidų, kurie yra žymimi raidėmis (A, U, G, C). Kiekvieną kartą virusui užkrėtus žmogų viruso genomas pasidaugina milijonus kartų ir šio proceso metu įvyksta pavienių genetinių pokyčių: vietoj vieno nukleotido atsitiktinai įterpiamas kitas. Šios atsitiktinės klaidos yra vadinamos mutacijomis. Daugybė tokių vieno nukleotido pakeitimų dažnai neturi jokio poveikio aminorūgšties pokyčiui viruso baltymuose, taigi – ir viruso funkcijai. Tačiau kartais pasikeičia ne tik aminorūgštis (įvyksta baltymo mutacija), tačiau pakinta ir viruso baltymo tam tikros savybės, kurios nulemia kitokius viruso bruožus.
Nukleotidų mutacijos genome yra apibūdinamos sutarta struktūra: prieš tai buvęs nukleotidas (raidė), tos nukleotido pozicija genome (skaičius) ir naujo nukleotido pavadinimas, išreikštas viena raide. Pvz., A12345U yra RNR genomo 12345 pozicijos pokytis iš pradinio nukleotido A (adenino) į U (uracilą).
Aminorūgščių mutacijos baltymuose nurodomos panašiai. Pvz., G678F reiškia, jog baltymo 678-ojoje pozicijoje aminorūgštis G (glicinas) buvo pakeista aminorūgštimi F (fenilalaninu). Kartais prieš pateikiant mutaciją yra parašomas ir baltymo pavadinimas (pvz., P:G678F, kur P yra baltymo ar peptido pavadinimas). Kartais į genomą įterpiamos ar ištrinamos trumpos nukleotidų sekos, dėl to tam tikros aminorūgštys yra prarandamos (tai vadinama iškrita (delecija) ir dažnai trumpinama nurodant poziciją baltyme: 123del) arba įterpiamos (insercijos).
Verta paminėti, kad ne visada pavienė mutacija turi poveikį, tačiau kelios kartu pasireiškusios mutacijos gali turėti stipresnį ir nenuspėjamą efektą, ir tik tada galimai pasireiškia poveikis įgytam imunitetui ar viruso plitimui. Todėl labai svarbu stebėti įvairius mutacijų rinkinius, kurie neretai yra randami įvairiose atmainose. T. p. ta pati viena mutacija gali nepriklausomai įvykti ir skirtingose viruso linijose.
Pirmosios žinomos SŪRS-CoV-2 atmainos genomo ilgis yra 29 903 nukleotidai, koduojantys apie 10 baltymų, kuriuose yra iki 30 šiuo metu žinomų peptidų. Pagrindinės mutacijos, kurios minimos kalbant apie pirmąsias keturias rūpestį keliančias atmainas, yra S (spyglio; paviršiaus glikoproteino) baltyme. Šį baltymą sudaro apie 1300 aminorūgščių. Lentelėje pateiktos pagrindinės aptariamos S baltymo mutacijos, kurios yra randamos rūpestį keliančiose SŪRS-CoV-2 atmainose ir turi įtariamą funkcinį poveikį.
1
rūpestį keliančių atmainų spyglio baltymo pakitimų suvestinė. Eilutėse nurodytos rūpestį keliančios atmainos, stulpeliai (sužymėti apačioje) yra mutacijų sukelti pakitimai, kai vieną aminorūgštį tam tikroje spyglio baltymo pozicijoje pakeičia kita (pvz., asparaginą N 501-oje spyglio baltymo pozicijoje pakeičia tirozinas Y), palyginti su pirmuoju atrastu SARS-CoV-2 genomu. Vienos ar daugiau aminorūgščių praradimas, ištrynimas (dar vadinamas delecija) yra žymimas graikiška raide delta bei paveiktomis spyglio baltymo pozicijomis, naujų amino rūgščių įterpimas (dar vadinamas insercija) yra žymimas trumpiniu ins, po jo seka spyglio baltymo pozicija bei naujai į baltymą įterptos aminorūgštys
Alfa (B.1.1.7) atmaina
SŪRS-CoV-2 viruso alfa atmaina, dar žinoma kaip B.1.1.7, yra viena iš pirmųjų rūpestį keliančių viruso atmainų. Ši atmaina pirmą kartą pasaulyje buvo nustatyta 2020 09 20 Anglijos rytuose, Jungtinėje Karalystėje (todėl kartais vadinama britiškąja). Dėmesys į šią atmainą buvo atkreiptas, kai pastebėti pirmieji staigūs SŪRS-CoV-2 viruso protrūkiai, sukelti būtent šios atmainos. Dėl didesnio alfa atmainos užkrečiamumo (didesnis apie 50 %, palyginti su pirminėmis atmainomis), alfa atmaina tapo dominuojančia – pirmiausia Jungtinėje Karalystėje (2020 rudens pabaigoje), po to išplito Europoje (2021 01–02) ir visuose kituose žemynuose.
Dėl pakitusių alfa atmainos savybių (ir kitų SŪRS-CoV-2 atmainų, netikėtai pradėjusių dominuoti pavienėse valstybėse), nuo 2020 12 įvairios sveikatos apsaugos organizacijos pradėjo kaupti ir skelbti rūpestį keliančių atmainų sąrašus, jais siekta kaip įmanoma greičiau pastebėti ir komunikuoti apie naujai atsirandančias atmainas. Būtent šiuo laikotarpiu įvairiose pasaulio šalyse (t. p. ir Lietuvoje) pradėta rutininė SŪRS-CoV-2 viruso genomo sekoskaita.
Alfa atmainoje aptinkama apie 10 mutacijų (3 delecijos ir 7 aminorūgščių pokyčiai) S baltyme, tačiau šiai atmainai labai išplitus įvairūs jos palikuonys įgijo papildomų mutacijų (pvz., E484K, S494P, K1191N). Svarbiausios mutacijos, esančios visuose alfa genomuose ir turinčios daugiausia funkcinės įtakos, yra N501Y ir P681H.
Alfa atmaina dominavo iki 2021 05–06, kai pasaulyje paplito dar didesniu užkrečiamumu pasižyminti delta atmaina.
Beta (B.1.351) atmaina
Beta (arba B.1.351) atmaina pirmiausia buvo nustatyta 2020 10 mėnesį Pietų Afrikos Respublikoje, kur ji vos po mėnesio tapo dominuojančia atmaina. Pirmiausia, dėmesys į šią atmainą buvo atkreiptas dėl stipriai blogėjančios epidemiologinės padėties įvairiuose Pietų Afrikos Respublikos regionuose. Todėl manoma, kad beta atmaina t. p. gali plisti greičiau nei ankstesnės viruso atmainos. Galiausiai, beta atmaina sukėlė daug susidomėjimo ir rūpesčio dėl savo atsparumo tam tikrų monokloninių antikūnų terapijai. Tai reiškia, kad žmonėms buvo taikoma būtent tokių antikūnų terapija tapo nebeveiksminga, o prieš tai persirgę kita atmaina ar pasiskiepiję ir įgiję imunitetą žmonės galėjo vėl užsikrėsti šia pakitusia viruso atmaina.
Nors beta atmainos virusas paplito daugelyje pasaulio šalių (113), tačiau didžiausias stebimas paplitimas buvo tik iki 3 % visų sekvenuotų SŪRS-CoV-2 genomų 2021 kovo mėnesį. O pietų Afrikos regione (Esvatinyje, Lesote, Malavyje, Mozambike, Zimbabvėje ir kiek šiauriau esančiame Burundyje) ši viruso atmaina tapo dominuojančia (daugiau kaip 50 % visų atvejų). 2021 vasarą beta atmaina šiame regione pakeitė delta atmaina. Lietuvoje rutininės sekoskaitos metu buvo nustatyta 11 beta atmainos viruso genomų (anksčiausias – 2021 03 02, paskutinis – 2021 04 09).
Šios atmainos S baltyme yra aptinkama 10 mutacijų: 3 delecijos (241del, 242del, 243del) ir 7 aminorūgščių pokyčiai (D80A, D215G, K417N, E484K, N501Y, D614G, A701V), kurie būdingi būtent beta atmainai. Tarp šių mutacijų didžiausią šiuo metu žinomą funkcinį poveikį turi K417N, E484K ir N501Y mutacijos.
Gama (P.1) atmaina
Ši viruso atmaina pirmą kartą buvo nustatyta Japonijoje – keliautojams, užsikrėtusiems Brazilijoje, todėl nemokslinėje literatūroje ji dažnai dar vadinama braziliškąja. Anksčiausi COVID-19 atvejai, susiję su šia atmaina, siekia 2020 11. Gama atmaina sukėlė stiprią antrąją COVID-19 ligos bangą Brazilijoje ir netruko išplisti visame pasaulyje. Didžiausias šios atmainos paplitimas buvo stebimas Pietų ir centrinėje Amerikoje. Kitur pasaulyje daugiausia šios atmainos atvejų nustatyta Jungtinėse Amerikos Valstijose, Kanadoje, bei daugelyje Europos valstybių. 9 šios atmainos atvejai nustatyti ir Lietuvoje (anksčiausias – 2021 04 13, paskutinis – 2021 08 06).
Gama atmainai priskiriamas SŪRS-CoV-2 virusas turi apie 24 aminorūgštis keičiančias mutacijas bei apie 10 tyliųjų mutacijų (nukleotidų pokyčių, nekeičiančių baltymo aminorūgščių). S baltyme randama 12 aminorūgštis keičiančių mutacijų (L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, V1176F). Funkciškai svarbiausios mutacijos yra: N501Y, E484K ir K417T.
Nors gama atmainai būdingos mutacijos kelia nerimą dėl vakcinų sukelto ar natūraliai įgyto imuniteto efektyvumo sumažėjimo, bet nuo 2021 vasaros fiksuojami tik pavieniai šios atmainos atvejai, išskyrus Braziliją, kurioje gama atmaina sudarė ypač didelį atvejų skaičių iki pat spalio mėnesio.
Delta (B.1.617.2) atmaina
Delta atmainos staigus šuolis Indijoje fiksuotas 2021 pradžioje, tačiau, sprendžiant iš vėliau stebėtos šios atmainos įvairovės, greičiausiai ji atsirado keletą mėnesių anksčiau ir dėl ribotos sekoskaitos visame pietų Azijos regione nebuvo aptikta anksčiau. Dėl tos pačios priežasties vis dar neaišku, ar ši atmaina atsirado būtent Indijoje, ar buvo įvežta iš kitur ir Indijoje paplito plačiau.
Indijoje delta atmainos sukelta infekcijų banga, prasidėjusi 2021 02, buvo itin intensyvi, todėl ši atmaina dar vadinama indiškąja. Tuo metu stipriai pakitę delta atmainos bruožai – žymiai efektyvesnis infekcijos perdavimas, palyginti net su alfa atmaina, ir sumažėjęs vakcinų, kuriose naudojami pirminės SŪRS-CoV-2 atmainos antigenai, efektyvumas – nebuvo tinkamai įvertinti, kol 2021 03 ši atmaina nepradėjo plačiau plisti Jungtinėje Karalystėje. Šioje šalyje nuo pandemijos pradžios gerai išplėtota SŪRS-CoV-2 viruso sekoskaitos infrastruktūra leido nuodugniai ištirti delta atmainą ir palyginti su kitomis atmainomis. Vėliau, po 2021 03, delta atmaina paplito visame pasaulyje – žymiai didesnis jos perdavimas lėmė, jog delta atmaina sukėlė viruso protrūkius net tose šalyse, kurios iki tol ganėtinai sėkmingai kovojo su pandemija netgi negalėdamos lengvai gauti vakcinų.
Delta atmainai priskiriamą SŪRS-CoV-2 virusą apibūdina 18 aminorūgštis keičiančių mutacijų, iš jų 9 S baltyme (T19R, del156, del157, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, D950N). Svarbiausios delta atmainos mutacijos yra T478K, P681R ir L452R.
Nuo 2021 06 delta atmaina tapo dominuojančia visame pasaulyje, t. p. ir Lietuvoje. Vakcinų (sukurtų iki 2021) sukeltas imunitetas prieš SŪRS-CoV-2 virusą efektyviai padeda apsisaugoti nuo sunkios ligos formos ar mirties, tačiau dėl didesnio delta atmainos užkrečiamumo (užsikrečiama bent du kartus greičiau nei visomis kitomis iki to laiko nustatytomis atmainomis) ir sumažėjusio antikūnų efektyvumo padidėja tikimybė užsikrėsti ir visiškai paskiepytiems asmenims. Tačiau kaip ir užsikrėtus kitomis SŪRS-CoV-2 viruso atmainomis, visiškai paskiepyti asmenys greičiau pasveiksta ir virusą platina trumpiau nei nepaskiepytieji.
Pasaulyje 2021 11 pradėjus plisti omikron (B.1.1.529) atmainai delta atmainos sukeltų atvejų procentas sumažėjo visose šalyse.
Omikron (B.1.1.529) atmaina
2021 11 apie omikron atmainą pirmiausiai pranešė Pietų Afrikos Respublikos mokslininkai, kai ši, mažiausiai 30 mutacijų S baltyme turinti, atmaina sukėlė itin didelį atvejų šuolį Gautengo provincijoje. Dėmesį patraukė ir šios atmainos evoliucija – nors omikron kilo iš B.1.1, kuris buvo vienas anksčiausiai (2020 pradžioje) pasaulyje paplitusių SARS-CoV-2 genotipų, iki omikron aptikimo žmonių organizmuose jokios šalies sekoskaitos programa nebuvo radusi šios linijos pirmtakų. Dėl šio itin ilgo ir nestebėto evoliucijos laikotarpio bei kilmės iš pandemijos pradžioje cirkuliavusio genotipo labiausiai tikėtina omikron atmainos kilmė yra siejama su biologiniu rezervuaru – gyvūnais ar imunosupresuotais asmenimis. Omikron protėvis pakliuvo į rezervuarą 2020 ir nebuvo aptiktas jokios šalies vykdant sekoskaitos programą, rezervuare cirkuliavo nepastebėtas bei įgijo šiai atmainai būdingas mutacijas iki 2021 11, kai iš rezervuaro pateko atgal į žmonių organizmus. T. p. eįprastai t. p. atrodo ganėtinai didelė omikron atmainos genetinė įvairovė – netrukus po pirmųjų omikron aptikimų buvo pastebėta, jog omikron turi bent dvi plačiau paplitusias palikuones atmainas BA.1 ir BA.2 (BA yra B.1.1.529, t. y. omikron, trumpinys), kurios tarpusavyje skiriasi bent 19 aminorūgščių vien S baltyme.
Viena svarbiausių omikron atmainos savybių yra labai greitas plitimas. Per kelias savaites nuo pirmojo omikron genomo nustatymo jis išplito po visus žemynus, o per mėnesį pasiekė ir Lietuvą.
Omikron atmainos sukelta COVID-19 liga sukelia šiek tiek kitokius simptomus, palyginti lyginant su prieš tai cirkuliavusiomis atmainomis. Skonio ir uoslės praradimas tapo retesnis, dažni simptomai yra sloga, nuovargis, raumenų ir nugaros skausmai, kosulys, gerklės skausmas bei pakilusi kūno temperatūra. Pastebėta tendencija, kad nors atvejų skaičius visame pasaulyje didėja, bet mirčių skaičius išlieka panašus. Dėl turimų mutacijų, omikron atmaina sunkiau atpažįstama mūsų įgytos imuninės sistemos lyginant su prieš tai cirkuliavusiomis atmainomis: pasiskiepiję žmonės arba anksčiau užsikrėtę kitomis atmainomis vis dar gali užsikrėsti šiuo virusu. Tačiau tokie žmonės serga lengviau ar net visai nejaučia jokių simptomų.
Gydymas užsikrėtus omikron atmaina yra toks pat, koks taikomas ir užsikrėtus kitomis atmainomis, tačiau kai kurie monokloninių antikūnų pagrindu sukurti vaistai tapo neveiksmingi. Taip atsitiko ir su Lietuvoje 2021 12 patvirtintu vaistu Ronapreve. Šis vaistas yra dviejų monokloninių antikūnų mišinys, tačiau omikron atmainoje esančios mutacijos pakeitė būtent tas viruso vietas, kurioms paveikti vaistas Ronapreve ir buvo sukurtas. Dėl šios priežasties 2021–22 žiemą, kai Lietuvoje aptinkamos dvi viruso atmainos – delta ir omikron, gydytojams svarbu žinoti, kokia atmaina yra užsikrėtęs pacientas, kad būtų skirtas tinkamas gydymas.
Omikron atmainos greitas plitimas reiškia, kad labai daug žmonių užsikrės šiuo virusu ir įgis imunitetą. Todėl mokslininkai mano, kad omikron atmainos sukelta susirgimų banga galėtų reikšti pandemijos pabaigos pradžią.
Lietuvoje cirkuliavusios atmainos
Lietuvoje 2021 02 pradėjus vykdyti rutininę SŪRS-CoV-2 sekoskaitą tapo įmanoma visos šalies mastu stebėti skirtingų atmainų dažnius, pokyčius ir paplitimą. SŪRS-CoV-2 alfa atmainos žaibiškas plitimas 2020 pabaigoje, pirmiausiai pastebėtas ir aprašytas Jungtinėje Karalystėje, tapo viena iš pagrindinių priežasčių pradėti tokį projektą. Per visą pandemijos laikotarpį Lietuvoje plačiau paplito ir pažymėtiną atvejų dalį sudarė tik keletas atmainų: B.1.1.280, B.1.177.60, alfa (B.1.1.7), B.1.620, bei delta (B.1.617.2) bei omikron (B.1.1.529) atmainos. Pagrindinių cirkuliavusių SŪRS-CoV-2 atmainų dažniai parodyti kaip Miulerio diagrama (pavadinta JAV genetiko H. J. Mullerio garbei).
diagramoje vaizduojami tiek kiekvienos atmainos dažniai laike (spalvoto regiono plotis bet kurioje x ašies pozicijoje), tiek hierarchiniai (protėvio ir palikuonio) atmainų santykiai. Pvz., Q.1 atmaina (blyškesnė raudona spalva) yra kilusi iš B.1.1.7 protėvio (tamsesnė raudona spalva), todėl vis dar yra įskaičiuojama į savo protėvinės atmainos dažnį ir sutartinai parodyta kaip prasidedanti ties savo protėvinės atmainos dažnio viduriu
B.1.1.280 atmaina buvo anksčiausia sistemiškai stebėta SŪRS-CoV-2 atmaina, kartu su B.1.177.60 atmaina dominavusi 2020 antroje pusėje. Anksčiausias B.1.1.280 atmainos atvejis buvo nustatytas 2020 07 30 paimtame ėminyje. Visos trys šią atmainą apibrėžiančios mutacijos – T1543A, T4369C, C27911T – tyliosios, arba sinoniminės, t. y. nors mutacijos įvyko viruso baltymus koduojančiose genomo dalyse (genuose), jos nepakeitė aminorūgščių, užkoduotų baltymuose. Dėl šios priežasties nėra jokio pagrindo manyti, jog B.1.1.280 atmainai priklausančių virusų bruožai skyrėsi nuo B.1.1.280 protėvinės B.1.1 atmainos. Turimi kitų šalių sekoskaitos duomenys leidžia teigti, kad iki aptikimo Lietuvoje B.1.1.280 nebuvo pastebėta jokioje kitoje šalyje, todėl labai tikėtina, kad B.1.1.280 kilo iš į Lietuvą patekusios B.1.1 atmainos, kuri Lietuvoje įgijo tris anksčiau minėtas tyliąsias mutacijas ir dėl atsitiktinių aplinkybių tapo dažniausiai aptinkama atmaina.
B.1.1.280 atmainai priklausantys virusai t. p. buvo pastebėti keletoje užsienio šalių – Norvegijoje, Jungtinėje Karalystėje, Vokietijoje, Danijoje, Švedijoje, Suomijoje, – tačiau tokie virusai akivaizdžiai buvo kilę iš Lietuvoje cirkuliuojančios ir atsiradusios B.1.1.280 atmainos įvairovės. Atmaina B.1.1.280 paskutinį kartą pasaulyje buvo pastebėta Lietuvoje, 2021 04 26 paimtame ėminyje, todėl labiausiai tikėtina, kad atmaina B.1.1.280 jau yra išnykusi.
B.1.177 ir B.1.177.60 atmainos. B.1.177 atmaina buvo viena iš pirmųjų SŪRS-CoV-2 atmainų, plačiausiai paplitusių Europoje. Pirmieji šios atmainos atvejai buvo aptikti Ispanijoje 2020 06, kai daugelis Europos Sąjungos ir Schengeno erdvės valstybių atidarė savo sienas po pirmųjų karantinų ir ribojimų, paskelbtų reaguojant į pirmą SŪRS-CoV-2 bangą. Ispanija 2020 vasarą buvo viena populiariausių europiečių atostogų vietų, todėl B.1.177 atmainai tapus dominuojančia Ispanijoje, daugelis į iš šią šalį atvykusių ir joje užsikrėtusių poilsiautojų grįždami namo dažniausiai parsiveždavo būtent B.1.177 atmainai priskiriamas SŪRS-CoV-2 infekcijas. B.1.177 atmaina nuo kitų SŪRS-CoV-2 atmainų skyrėsi 7 mutacijomis, iš kurių trys pakeitė aminorūgštis viruso baltymuose: A222V spyglio (S) baltyme, A220V nukleokapsido (N) baltyme ir V30L ORF10 baltyme.
Panašiai kaip ir kitur Europoje keliautojai, užsikrėtę B.1.177 atmainai priklausančiais virusais, į Lietuvą atvyko daugelį kartų, tačiau tik vienai įvežtai infekcijos grandinei pavyko Lietuvoje prigyti ir cirkuliuoti. Šią atmainą buvo galima identifikuoti dėl greičiausiai jau Lietuvoje įvykusios V77F mutacijos ORF3 baltyme, kuri kaip žymuo buvo panaudota apibrėžiant šią atmainą kaip B.1.177 palikuonę – atmainą B.1.177.60. Anksčiausias žinomas atmainos B.1.177.60 genomas, galimai dėl Lietuvoje tuo metu nevykdomos rutininės sekoskaitos, buvo aptiktas Škotijoje 2020 08 07, o Lietuvoje – tik 2020 09 17. Ilgainiui B.1.177.60 atmaina ir jos palikuonės dažniausiai buvo sutinkamos Lietuvoje, o rečiau ir vėliau, nei pirmieji atvejai Lietuvoje, ši atmaina sutinkama kitose valstybėse – Latvijoje, Danijoje, Suomijoje, Norvegijoje, Jungtinėje Karalystėje.
Dėl nedidelio SŪRS-CoV-2 atvejų skaičiaus Lietuvoje 2020 vasarą, vėstant orams ir vis labiau didėjant koronaviruso infekcijos plitimui, būtent B.1.177.60 ir B.1.1.280 atmainos, nepaisant to, kad nei viena iš jų ženkliai nesiskyrė nuo prieš tai cirkuliavusių, Lietuvoje ėmė plisti greičiau nei kitos ir per 2020 rudens ir žiemos bangą tapo dominuojančiomis. Būtent šios dvi atmainos sukėlė antrąją COVID-19 pandemijos bangą (ji piką pasiekė gruodį), per kurią mirtingumas nuo viruso buvo didžiausias. B.1.177.60 atmainą iš Lietuvos išstūmė taikyti itin griežti pandemijos valdymo ribojimai, didėjančios skiepijimo apimtys ir gerėjantys orai. Nuo 2021 01 mažėjanti B.1.177.60 atmainos sukeltų COVID-19 atvejų dalis užleido vietą kitai neseniai atsiradusiai ir lengviau plintančiai alfa atmainai. Dėl greitesnio plitimo alfa galėjo cirkuliuoti ilgiau nei atmainos, neturinčios tokio bruožo, nepaisant prastėjančių viruso plitimo sąlygų. Paskutinis B.1.177.60 atmainai priklausantis genomas Lietuvoje buvo aptiktas 2021 05 29. Tikėtina, kad B.1.177.60 atmaina jau yra išnykusi.
B.1.1.7, arba alfa, atmaina. Pirmasis alfa atmainos atvejis Lietuvoje buvo aptiktas 2021 01, o 2021 02 startavęs Lietuvos SŪRS-CoV-2 sekoskaitos projektas toliau sekė šios atmainos palaipsnį dominavimą. Kadangi alfa atmaina įsitvirtino daugelyje Europos šalių, pirmaisiais 2021 mėnesiais užsienyje užsikrėtę keliautojai vis dažniau į Lietuvą įveždavo būtent šią atmainą, panašiai kaip atsitiko su B.1.177 atmaina 2020 vasarą. Naudojantis sekoskaitos duomenimis suskaičiuota kelios dešimtys alfa atmainos įvežimo atvejų, nors tikrasis jų skaičius buvo ženkliai didesnis. Nepaisant didelio įvežimo atvejų skaičiaus daugelis į Lietuvą įvežtų alfa infekcijos grandinių nutrūkdavo atsitiktinai, dėl atsakingo atvykusiųjų izoliavimosi. Tačiau pasitaikė ir atvirkštinių situacijų, pvz., atmaina Q.1 (B.1.1.7.1 trumpinys) atsirado po vieno alfa atmainos įvežimo į Lietuvą atvejo. Pirmasis Q.1 atmainos genomas pirmą kartą buvo aptiktas 2021 02 viduryje. Nuo savo alfa protėvio Q.1 atmaina skyrėsi viena tyliąja C14220T mutacija, greičiausiai atsiradusia jau Lietuvoje. Nors Q.1 atmaina buvo tik viena iš daugelio alfa atmainos įvežimų į Lietuvą atvejų – tai įvyko apie 2021 02, – šios atmainos pradėta infekcijos grandinė jau gegužės mėn. buvo atsakinga už maždaug 40 % visų COVID-19 atvejų.
Po 2021 03 atlaisvintų pandemijos valdymo ribojimų pasireiškęs viruso atvejų didėjimas, pramintas trečiąja banga ir tęsęsis iki gegužės mėn, daugeliu atvejų buvo sukeltas būtent alfa ir jos palikuonės Q.1 atmainos. Gerėjantys orai, didėjanti paskiepytos populiacijos dalis ir itin gerai prieš alfa atmainą veikiantys skiepai lėmė, kad 2021 05 sumažėjo jos atvejų skaičius (per šios atmainos cirkuliavimo piką užsikrėtimo alfa atmaina atvejai sudarė iki 95 % visų viruso atvejų). Lietuvoje paskutinis alfa atmainos atvejis nustatytas 2021 08 04, todėl, turint omenyje nuo 2021 05 mažėjusią šios atmainos sukeltų atvejų dalį, tikėtina, kad ši atmaina yra ant išnykimo ribos arba jau išnykusi. Iš dalies visoje Lietuvoje visiškai įsigalėti alfa atmainai sutrukdė trumpą laiką cirkuliavusi B.1.620 atmaina, pirmiausia paplitusi Anykščių rajono savivaldybėje. Nuo 2021 07 stebėtas COVID-19 atvejų kilimas, pramintas ketvirtąja banga, jau buvo sukeltas visiškai kitos – delta – atmainos.
B.1.620 atmaina. Lietuvoje cirkuliuojančių SŪRS-CoV-2 atmainų sudėties pokyčiai, įskaitant B.1.177 ir B.1.1.7 atmainas, atspindėjo pasaulines ir Europoje įsigalėjusias tendencijas. Tačiau tokią situaciją 2021 05–06 pakeitė Lietuvoje neįprasta B.1.620 atmaina (Lietuvoje dar vadinama lietuviška, Anykščių, Puntuko ar Anykščių šilelio atmaina). Pirmą kartą Lietuvoje ši atmaina buvo nustatyta 2021 03.
Itin didelį susirūpinimą Lietuvos, t. p. Europos ligų prevencijos ir kontrolės centro (angl. European Centre for Disease Prevention) mokslininkams sukėlė B.1.620 atmainos turimos mutacijos, nes pavieniui dauguma jų jau buvo aptinkamos rūpestį keliančiose atmainose, tačiau B.1.620 atmainoje jos aptiktos visos kartu. Sprendžiant vien iš mutacijų buvo itin tikėtina, kad didesnę tikimybę pakartotinai užsikrėsti B.1.620 atmaina gali turėti imunizuoti (paskiepyti arba persirgę) asmenys.
Vykdant sekoskaitos tyrimus Lietuvoje aptikti du B.1.620 atmainos įvežimo iš kitų Europos valstybių atvejai: vienas asmuo buvo grįžęs iš užsienio, atsakingai izoliavosi ir tolimesnių šios infekcijos palikuonių nėra žinoma, o kitas asmuo, užsikrėtęs B.1.620 atmaina, išplatino šią atmainą Anykščių rajono savivaldybėje. Dėl to vėliau B.1.620 atmaina paplito po visą Lietuvą ir sukėlė beveik 200 žinomų ir daugiau kaip 400 įtariamų ir tikėtinų atvejų. Nors B.1.620 atmainos sukeltų atvejų skaičius ilgainiui tapo palyginti mažas ir vidutiniškai sudarė apie 2 % visų viruso atvejų, artėjant vasarai ir nuosekliai mažėjant alfa atmainos atvejų, B.1.620 atmainos atvejai 2021 06 sudarė 16 % visų COVID-19 atvejų.
Sekoskaitos tyrimų duomenys parodė, kad B.1.620 atmaina į Europą atkeliavo daugelį kartų, dažniausia per keliautojus, atvykstančius iš Kamerūno. Vėliau gauti sekoskaitos tyrimų duomenys leido įtarti, kad B.1.620 atmaina plačiau cirkuliuoja kaimyninėje Centrinės Afrikos Respublikoje ir į Kamerūną pateko būtent iš šios valstybės, kuri dėl mažesnio skrydžių į Europą ir likusį pasaulį skaičiaus turėjo mažesnę tikimybę tapti šalimi, per kurią B.1.620 atmaina galėjo paplisti už Afrikos ribų. Dėl visoje centrinėje Afrikoje neišsamių 2020 pabaigos ir 2021 pradžios sekoskaitos duomenų kol kas neįmanoma nustatyti, ar B.1.620 atmaina atsirado Centrinėje Afrikos Respublikoje, ar ir į šią šalį pateko iš kitos valstybės.
Be Lietuvos, B.1.620 atmaina buvo aptikta ir kitose Centrinės Afrikos Respublikos kaimynėse – Kongo Demokratinėje Respublikoje, Kongo Respublikoje ir Gabone, tačiau didesni B.1.620 atmainos sukelti protrūkiai t. p. vyko Pietų Korėjoje, kur 2021 05 B.1.620 atmaina sukėlė beveik 20 % visų Pietų Korėjos COVID-19 atvejų. Europoje didžiausi B.1.620 atmainos sukelti protrūkiai vyko Prancūzijoje, Šveicarijoje, Belgijoje ir Vokietijoje, bet pavieniai atvejai t. p. buvo aptikti daugelyje kitų šalių ir Šiaurės Amerikoje. 2021 08 B.1.620 atmainos atvejų visame pasaulyje buvo itin mažai. Paskutinis B.1.620 genomas Europoje buvo aptiktas 2021 08 28 Šveicarijoje, o Lietuvoje B.1.620 atmaina nebeaptinkama nuo 2021 06 24. Labai tikėtina, kad dėl sumažėjusios tikimybės užsikrėsti paskiepytiems ši atmaina išnyks šalyse, įsigijusiose daugiau skiepų dozių ir paskiepijusių didžiąją savo visuomenių dalį. Taip turėtų nutikti ir šalyse, neturinčiose tokios galimybės, nes jose dėl 2021 03 prasidėjusio delta atmainos plitimo imtos taikyti itin griežtos kovos su pandemija priemonės.
B.1.617.2, arba delta, atmaina. Lietuvoje delta atmaina pirmiausia buvo aptikta 2021 05 26. Atliekant sekoskaitos tyrimus, buvo stebimi pavieniai tarpusavyje nesusiję įvežtiniai atvejai. Deja, panašiai kaip nutiko su B.1.177 ir alfa atmainomis, pasaulinės tendencijos lėmė, kad delta atmaina į Lietuvą buvo įvežama vis dažniau, kol galų gale įsitvirtino šalyje. Jau 2021 07 pabaigoje, praėjus 2 mėn. nuo pirmojo aptikimo, delta atmaina sukėlė praktiškai visus COVID-19 atvejus. Visiškai analogiškos tendencijos buvo stebimos visose sekoskaitą vykdančiose šalyse, kuriose 2021 08 delta atmaina sukėlė daugiau kaip 95 % visų COVID-19 atvejų.
Ilgainiui cirkuliuojant delta atmainai atsirado ir atpažįstamos jos palikuonės ãtmainos, gavusios nomenklatūrinį pavadinimą AY (AY yra B.1.617.2 trumpinys). Plačiausiai pasaulyje paplito delta palikuonė AY.4 atmaina, anksčiausiai įsitvirtinusi Jungtinėje Karalystėje. Didžiausią delta atmainos sukeltų atvejų dalį (šiek tiek daugiau kaip 80 %) sudarė į Lietuvą anksti atkeliavusi arba Lietuvoje atsiradusi atmaina AY.4.5, pati kilusi iš AY.4 atmainos, ir atskiriama nuo protėvinės linijos dėl aminorūgštis keičiančių mutacijų A14882C ir G25337U (atitinkamai ORF1b: D472A ir S: D1259Y). Nemažą atvejų dalį (beveik 15 %) Lietuvoje vienu metu sudarė delta palikuonė AY.122 linija, plačiausiai paplitusi Rusijos Federacijoje.
Lietuvoje delta sukelta COVID-19 atvejų banga, tolygiai augusi nuo šios atmainos atkeliavimo į šalį, pasiekė piką 2021 11. Į Lietuvą atvykus ir pradėjus plisti omikron atmainai jau po mėnesio delta atmainos sukelti atvejai nebesudarė daugumos visų COVID-19 atvejų. 2022 02 delta atmainos likimas Lietuvoje – išnykimas arba tolimesnis cirkuliavimas kartu su omikron atmaina – nėra aiškus.
B.1.1.529, arba omikron, atmaina. Lietuvoje omikron atmaina pirmą kartą aptikta 2021 12 08. Praėjus mėnesiui nuo pirmojo šios atmainos aptikimo, tikėtina, kad omikron jau sudarė didžiąją visų COVID-19 atvejų dalį. Panašiai kaip kitos atmainos, omikron į Lietuvą atkeliavo daugelį kartų. 2022 02 sekoskaita patvirtintų omikron atmainos atvejų nėra pakankamai, kad būtų galima atskirti, kuri iš Lietuvoje cirkuliuojančių šios atmainos palikuonių linijų paplis plačiau ir ngaus PANGO nomenklatūrinį pavadinimą (kaip lietuviška omikron atmainos versija), kaip buvo atsitikę su Q.1, t. y. Lietuvoje dažniausiai sutikta alfa versija ar AY.4.5, t. y. Lietuvoje dažniausiai sutikta delta versija, atmainomis.
2022 01 pabaigoje omikron tapo dominuojančia atmaina Lietuvoje ir sukėlė iki šiol didžiausią susirgimų bangą (penktoji pandemijos banga), kai dienos atvejų skaičius perkopė 10 tūkst. ribą.
Lietuvoje PGR testavimo galimybių riba yra apie 22 tūkst. testų per dieną, didžiausios pandemijos bangos metu kas antram besitestuojančiam asmeniui buvo diagnozuojama COVID-19 liga.
3237
3238
3239
3240
-covid atmaina; -alfa atmaina; -beta atmaina; -gama atmaina; -delta atmaina; -omikron; -omikron atmaina