šakns, žodžio pagrindinė morfema be jokių afiksų. Šaknis yra leksinės žodžio reikšmės branduolys. Analitinėse kalbose šaknis dažniausiai sutampa su žodžiu. Sintetinėje lietuvių kalboje tokių atvejų nėra daug (pvz., tiek, kiek, ten, nors, todėl, kodėl). Dažniausiai prie šaknies jungiami žodžių darybos ar kaitybos afiksai – priesagos, priešdėliai, galūnės (pvz. min‑ė‑ti, pa‑min‑kl‑as, į‑min‑ti, at‑min‑si‑me) arba kitos šaknys (dūriniuose, pvz., daug‑maž, did‑gal‑vis, pa‑min‑kl‑o‑saug‑a). Šaknies struktūra išlieka visose žodžių darybos ir kaitybos formose, bet šaknies sudaromieji garsai gali skirtis pagal balsių ar priebalsių kaitos dėsnius. Pvz., žodžiai graž‑us ir grož‑is, met‑u ir mes‑ti turi tą pačią šaknį. Etimologijoje bendromis laikomos ir giminiškų kalbų žodžių šaknys, kurių sudaromieji garsai yra pakitę dėl fonetinių dėsnių veikimo (pvz., lietuvių dūm‑as, indoeuropiečių dhūm‑os, lotynų fūmus, rusų dym). Šaknis gali sutapti su žodžio kamienu (pvz., vaik‑as, sen‑is).
2352