Vakcinãcijos institùtas, labdaringa įstaiga, veikusi Vilniuje 1808–31. Įkurtas 1808 05 17 prie Vilniaus universiteto Terapijos klinikos J. Franko ir kitų Vilniaus medicinos draugijos narių iniciatyva.
Institute buvo gaminama raupų vakcina, skiepijama nuo raupų, atliekami skiepytų žmonių klinikiniai stebėjimai, studentai ir medikai mokomi skiepyti. Institutui vadovavo Vilniaus universiteto Terapijos klinikos viceprofesorius, jame dirbo 4–6 žmonės – laborantai ir medicinos studentai. Instituto lėšas sudarė aukos.
Kasmet nemokamai jame buvo skiepijami keli šimtai Vilniaus ir jo apylinkių gyventojų. Vakcinacijos instituto darbuotojų iniciatyva Vilniaus, Kauno ir kitose apskrityse 1815 buvo įsteigti skiepijimo nuo raupų komitetai, vakcinacija propaguojama spaudoje.